Ein Beispiel für solche Stoffwechselprodukte, die von den Darmbakterien aus sekundären Pflanzenstoffen fermentiert werden, ist das Tetrahydrocurcumin, das als Metabolit des sekundären Pflanzenstoffes Curcumin im Mikrobiom gebildet wird. Dieses Stoffwechselprodukt hat teilweise noch größere Wirkung als das Curcumin selbst. So ist Tetrahydrocurcumin dafür bekannt, dass es aufgrund seiner antioxidativen Eigenschaften therapeutische Wirkungen bei Herz-Kreislauf-Erkrankungen entfaltet. Wegen seiner entzündungshemmenden Aktivität schützt Tetrahydrocurcumin zudem Mikrogliazellen im Gehirn vor Verletzungen durch Bakteriengifte.
Ein anderer Metabolit ist das Propionat 3-HPPA, das von Dickdarmbakterien aus den Catechinen aus rotem Wein sowie aus Quercetin fermentiert wird, einem gelben sekundären Pflanzenstoff, der unter anderem in Zwiebeln, Äpfeln und Brokkoli vorkommt. Dieser Metabolit 3-HPPA hat eine gefäßerweiternde Wirkung und wirkt sich positiv auf die Knochen- und Nervengesundheit aus.
Auch die roten Farbstoffe der Anthocyane, die in Aronia oder Blaubeeren zu finden sind, haben wegen ihrer geringen Bioverfügbarkeit eine bessere Wirkung, wenn sie durch Bifidobakterien und Laktobazillen zu Protocatechusäure und Gallussäure fermentiert wurden, denen antioxidative und kardiovaskulär schützende Wirkungen zugeschrieben werden.
Darüber hinaus gibt es zahlreiche weitere Metabolite, die im Mikrobiom aus sekundären Pflanzenstoffen gebildet werden und die dann im Körper als „körpereigene Medikamente“ wirken. Auf diese Weise können Sekundäre Pflanzenstoffe den Körper besser gegen Krankheiten wappnen. Denn sie verändern die Zusammensetzung und/oder Diversität der Darmmikrobiota und erhöhen die Häufigkeit bestimmter Darmbakterien, die nützliche Substanzen produzieren.